马兆骏于台湾民歌时期(1977年)出道,也是许多知名歌手的制作人。他曾经制作刘文正、黄莺莺等知名歌手的专辑。1989年,父亲过世的打击,让他顿失人生目标,开始以酗酒、吸大麻方式来宣泄郁闷情绪,而误入歧途。1990年因携带大麻而中断演艺事业。1999年受浸,成为基督徒。
马兆骏于1998年结婚,妻为郭美珒(Juby),育有一子两女。妹妹马毓芬曾为歌手,参与过很多歌手的唱片合声,现为专业音乐制作人,哥哥马兆骅亦曾为音乐工作者。
他于2006年12月起再度发行新专辑,并于翌年2月开始在中国广播公司“i Radio”音乐网任DJ;2007年2月23日22点,马兆骏与妻子一起到顶好超级市场永和店购物,在22点47分突然昏倒并呼吸不顺,送到永和耕莘医院急救,到院前已无生命迹象,在当日深夜23点05分宣告马兆骏不治逝世,享年48岁。马兆骏有心血管疾病(心脏病与高血压)家族病史,他的父亲也是死于心血管疾病。 马写过上千首歌曲,曲风多元丰富,从清新到通俗路线皆有涉猎,较为人熟知的有心雨、木棉道、七月凉山、季节雨、散场电影、风中早晨、爱像什么、一种感觉、我要的不多、奶粉与便当等等。1987年,推出首张个人专辑“我要的不多”。2006年12月,推出最后一张个人专辑“奶粉与便当”。
2007年6月16日,获第18届金曲奖文化传播奖章,由妻郭美珒代领。